Der 53-jährige Skibbe arbeitete schon von 1989 bis Anfang 2000 für Borussia Dortmund, zuerst als Nachwuchs-Koordinator, später als Trainer der U19. Nach einem Jahr als Coach der U23 übernahm er 1998 von Nevio Scala den Posten des Cheftrainers und führte die Mannschaft in die Champions League. Anfang 2000 musste er diese Tätigkeit beenden. Er wechselte zunächst zurück in die Nachwuchsabteilung. Danach übernahm er beim DFB gemeinsam mit Rudi Völler die Trainer-Doppelspitze.

Zuletzt trainierte Michael Skibbe die griechische Nationalmannschaft.